O PayPal cobra uma Comissão de disputa de comerciante para gerir o processo de resolução de disputa relacionado com as transações concluídas por um comprador com uma conta PayPal ou por um comprador que use o PayPal Checkout como convidado. 

Esta Comissão de disputa aplica-se a essas transações quando o comprador apresenta uma reclamação diretamente à PayPal e, também, quando apresenta a reclamação através de um chargeback com o respetivo emissor do cartão ou um estorno com o respetivo banco. 

A Comissão de disputa não se aplica a transações processadas através do PayPal Pro ou mediante o processamento de cartões de crédito e débito avançados, por vezes denominadas de transações descaraterizadas. 

O montante da Comissão de disputa depende da percentagem de reclamações apresentadas em comparação com o seu total de vendas nos 3 meses anteriores. A Comissão de disputa padrão será aplicada, a menos que o seu índice de disputas seja 1,5% ou superior e que tenha mais de 100 transações de venda nos 3 meses anteriores. Caso se enquadre nessa categoria, a Comissão de disputa de grande volume será aplicada a cada disputa.  

São isentos da Comissão de disputa padrão os pedidos de informação no Centro de resoluções do PayPal que não forem transformados em reclamação, as disputas que sejam resolvidas amigavelmente entre o comprador e o vendedor ou aquelas que forem apresentadas diretamente à PayPal como uma transação não autorizada.